La película inicia dos años después de los sucesos acontecidos en Final Fantasy VII. Los supervivientes del desastre de hace dos años se han movido a las afueras de la ciudad creando un megasuburbio llamado Edge. Cloud vive solo, habiéndose aislado de sus compañeros, en particular de Tifa y de Marlene, debido a su depresión por no haber podido salvar ni a Aeris, ni al mundo, ni a nadie (en sus propias palabras). Mientras sale de la ciudad, es atacado por tres extraños sujetos quienes le recriminan el estar escondiendo a Madre, pero Cloud no sabe de qué están hablando. Tras sobrevivir al ataque, Cloud recibe una llamada de Tifa, quien le envía un mensaje de los Turcos para reunirse en un hospital del norte para un encargo.