La historia se centra en Houtarou Oreki, un estudiante de instituto cuya máxima es la no gastar energía en nada que no sea una obligación. Sin embargo, todo esto cambia cuando acaba entrando al club de literatura clásica (kotenbu) por recomendación de su hermana mayor. Allí conoce a Eru Chitanda, una chica muy tranquila pero extremadamente curiosa, que le acaba haciendo gastar energía ante cualquier misterio que se les presenta. Para más inri, Satoshi Fukube, un amigo de Oreki de años anteriores, se une al club y se encarga de echar leña al fuego para que Oreki deje de vaguear. Y por último tenemos a Mayaka Ibara, a quien le gusta Satoshi (aunque éste le de largas) y no traga a Oreki y por ello se pasa el día picándolo. Tras varios enigmas de menor calibre, al final los cuatro acabarán investigando el misterio de un caso que ocurrió hace 45 años relacionado con el instituto, pero las pistas están enterradas entre varias de las obras de los antiguos miembros del club de literatura clásica, tituladas “Hyouka”.